Windowsについてるディスクチェックは、時間がかかってもとりあえず読めればエラーなしと判断します。
しかしながら、読み取りに時間がかかるような部分がたくさんある状態になっているならば、そのハードディスクはもうすぐ壊れると思われます。

＃人間でもありますよね。あの人だよあのひと。えーとえーと・・・・あ、そう○○！やっと思い出した！！てのと同じか。

それを判別できるソフトがあります。
http://www.hdd-data.jp/support/downloads+175.html
これは、Windows上で実行可能です。読み取りに時間がかかる場所は赤に近いオレンジで表示されます。
赤が一か所でもあればアウトなんですけど、オレンジが点在するようであればやばいです。
この検査はできたら対象のHDDを別のPCに外付けしてやってみるほうが正しい結果が得られると思います。